En febrero de 2009, Müller firmó su primer contrato como profesional con el primer equipo, efectivo desde la temporada 2009-10, junto con su compañero Holger Badstuber, del equipo reserva. En la siguiente temporada, el equipo de reserva del Bayern se clasificó para la nueva 3. Liga. Colombia se clasificó con 27 puntos en el cuarto puesto de las eliminatorias para la Copa Mundial Rusia 2018. En el sorteo realizado el día 1 de diciembre de 2017 en el Palacio Estatal del Kremlin en Moscú, la selección quedó en el grupo H junto a Polonia, Senegal y Japón.