El Melgar tiene su sede social en el corazón del centro histórico de Arequipa, este es el local del cuadro rojinegro el cual también da origen al apodo de los hinchas melgarianos en Arequipa «Los De Consuelo». Se ubica en la calle Consuelo 408, Cercado de Arequipa, el club también cuenta con divisiones menores participando en los diferentes torneos de Arequipa y del país, así como academias de fútbol de menores, lo cual constituye el semillero del club.